Deutschland hat in Sachen Mehrwertsteuerpauschalierung für die Landwirte noch zwei Monate Zeit, um eine Anpassung der Regelung in Einklang mit den Vorstellungen der Europäischen Kommission auf den Weg zu bringen. Sollte Berlin nicht auf die Vorwürfe aus Brüssel reagieren, wird die Kommission die Bundesrepublik aller Wahrscheinlichkeit nach vor dem Europäischen Gerichtshof (EuGH) verklagen. Das entsprechende Vertragsverletzungsverfahren dazu war bereits im März 2018 eingeleitet worden.
Konkret kritisiert die EU-Kommission, dass Deutschland die Sonderregeln der Mehrwertsteuerpauschalierung nicht nur für kleinere Betriebe, sondern auf alle Betriebe in der Landwirtschaft anwendet. Die EU-Mehrwertsteuerrichtlinie erlaubt es den Mitgliedstaaten, eine pauschale Mehrwertsteuerregelung für landwirtschaftliche Betriebe anzuwenden. Demnach können diese für die von ihnen verkauften Produkte und erbrachten Dienstleistungen einen Pauschalbetrag in Rechnung stellen; dieser beträgt in Deutschland für die landwirtschaftlichen Umsätze 10,7 %. Im Gegenzug dürfen die Landwirte allerdings keinen Vorsteuerabzug geltend machen.
Diese von Brüssel erlaubte Ausnahmeregelung ist allerdings vor allem für Kleinbetriebe gedacht, bei denen die Anwendung der allgemeinen Mehrwertsteuervorschriften auf administrative Schwierigkeiten stoßen würde. Deutschland wende die Pauschalregelung jedoch standardmäßig auf alle landwirtschaftlichen Betriebe an, so die Kritik der Kommission. Dabei seien die gängigen Mehrwertsteuervorschriften von großen Agrarbetrieben zu schultern. Die generelle Anwendung der Pauschalierung führe zu Wettbewerbsverzerrungen im EU-Binnenmarkt, moniert die EU-Behörde.
Auch in Deutschland selbst gab es schon Kritik an der Regelung. Der Bundesrechnungshof rügte im November 2015 das Bundesfinanzministerium dafür, die Vorsteuerpauschale falsch zu berechnen. Den jährlichen Steuerausfall für den Fiskus veranschlagten die Prüfer damals auf 200 Mio. Euro. Der Rechnungshof schätzte die Vorsteuerbelastung anhand eigener Berechnungen auf 9,3 Prozentpunkte und damit um 1,4 % niedriger als den Durchschnittssatz.
